金属牌上的暗码如活物般扭曲重组，最终拼凑出一张泛黄的航海图。图中用血红墨水标注着“幽灵岛”，岛屿边缘画满狰狞的骷髅与机械齿轮——那是连老渔民都讳莫如深的死亡禁地。陆沉舟着地图背面的烫金印记，瞳孔骤缩：“这是……当年第七生物实验室的徽标。”
三日后，众人搭乘租来的渔船驶向茫茫大海。小宝抱着望远镜站在船头，突然指着海面尖叫：成片的机械水母在浪花下闪烁幽蓝荧光，触须上缠绕着锈蚀的实验器材。“棉花糖”冲着水面狂吠，激起的水花落在甲板上竟腐蚀出斑驳孔洞。
夜幕降临时，雾气中浮现出若隐若现的岛屿轮廓。岸边矗立着巨大的青铜雕像——半人半机械的怪物手持试管，基座刻着拉丁文“人类的终章”。阿虎用匕首刮开雕像表面，露出底下密密麻麻的求救刻痕：“这里……死过很多人。”
众人刚踏上布满苔藓的石板路，地面突然裂开网格状缝隙。数百个机械螃蟹从地底爬出，螯钳喷射出腐蚀性黏液。陆沉舟挥起钢棍抵挡，却发现这些机械生物的关节处嵌着人类牙齿。小宝急中生智，掏出从实验室带出的声波发生器，刺耳的频率震得机械螃蟹纷纷自爆。
穿过藤蔓缠绕的拱门，一座悬浮在岩浆湖上的环形建筑出现在眼前。建筑外墙流转着液态金属，入口处的虹膜扫描仪突然启动，将众人困在能量罩中。“只有携带实验室基因标记的人能进入。”冰冷的机械音响起。陆沉舟咬牙将手掌按在扫描器上，皮肤下的蓝色纹路与仪器产生共鸣，能量罩应声而碎。
内部空间宛如外星生物的内脏，管道中流淌着猩红液体，天花板垂落的机械藤蔓会主动捕捉靠近的生命体。小糖的小熊玩偶突然发出警报红光，指引众人避开致命陷阱。在走廊尽头的展示柜里，小宝发现了令人毛骨悚然的展品：浸泡在营养液中的婴儿，他们的脊椎己被改造成机械中枢。
“这些都是‘凤凰计划’的失败品。”阿虎声音发颤。他的机械义肢突然不受控制地举起，指向墙壁暗格。众人撬开暗格，露出一台正在倒计时的量子计算机，屏幕上跳动的“03:00:00”旁，是陆沉舟的基因图谱与整个村庄的三维模型。
“他们要把这里变成基因炸弹！”陆沉舟脸色煞白，“爆炸产生的辐射会把所有人改造成机械怪物。”话音未落，地面突然翻转，众人坠入充满培养液的巨型水槽。数百个沉睡的克隆人缓缓睁开血红双眼，他们胸口的机械心脏与陆沉舟体内的基因产生共鸣，形成危险的能量漩涡。
小糖在混乱中被水流冲走，“棉花糖”逆流而上紧追不舍。当小宝终于找到妹妹时，却发现她正被一个银色机械人抱在怀中——那机械人的面部轮廓，竟与记忆里牺牲的少年有七分相似。“别怕，”机械人开口，声音带着熟悉的沙哑，“我是来还债的。”
与此同时，陆沉舟与阿虎在主控室与最终BOSS展开决战。那是个由乌云凝聚成的人形机械体，周身缠绕着历代实验受害者的怨念。机械体张开黑洞般的巨口，将阿虎吸入其中。千钧一发之际，阿虎引爆了体内的自毁装置，剧烈的爆炸暂时击退了敌人。
“快走！”陆沉舟抱起受伤的阿虎冲向出口。小宝等人己破解了量子计算机，倒计时戛然而止。但岛屿开始剧烈震颤，岩浆湖掀起百米高的巨浪。众人在机械人的护送下奔向海岸，却发现来时的船只己被机械章鱼摧毁。
最后关头，机械人启动了岛屿底部的逃生舱。在舱门关闭的瞬间，小宝看见机械人对着他们微笑，随后纵身跃入岩浆——他手中握着的，正是小糖丢失的小熊钥匙扣。逃生舱冲破海面的刹那，身后的幽灵岛化作冲天火球，而夜空中，又有新的乌云开始聚集，云层中隐约浮现出一个戴着王冠的机械虚影……
