彩虹挂在天际的喜悦并未持续太久。清晨，小宝在给“棉花糖”喂食时，发现狗盆里的水泛起诡异的荧光蓝，而隔壁王婶家的老黄牛，竟用蹄子在泥地上划出了与机械女王王冠相似的齿轮图案。陆沉舟检查完村里的水源后，脸色凝重：“水里检测到微量的基因改造剂残留，有人在暗中搞鬼。”
与此同时，小糖的身体出现了异常变化。她原本消退的淡蓝色纹路又若隐若现，时不时会用陌生的语调说出一些晦涩的词句。这天午后，她突然睁着大眼睛对小宝说：“姐姐，水晶城堡没有消失，它藏在云的褶皱里……”话未说完，便陷入昏睡，手中紧攥的树叶不知何时变成了银色金属片。
阿虎在修理被机械蝴蝶损坏的干扰器时，意外发现设备内存里多了段加密影像。画面中，戴着兜帽的人正在调试一个巨大的培养舱，舱内漂浮的身影竟与陆沉舟有七分相似。更令人心惊的是，背景墙上的日历显示着“三天后月全食”，下方用红笔写着醒目的“重启计划”。
“我们必须主动出击。”陆沉舟决定。他带着大宝用废旧零件改装探测仪，试图捕捉云端城堡的信号；小宝则和村里的孩子们组成“侦察队”，在田野间寻找可疑踪迹。小糖虽然身体虚弱，却坚持要帮忙，她凭借着奇特的感应能力，带着众人在老槐树下挖出了一个金属盒子。
盒子里装着的不是武器，而是一本日记。泛黄的纸页间，记录着机械女王鲜为人知的过去：她曾是“凤凰计划”首席科学家的女儿，在实验室爆炸中丧生。为了延续女儿的生命，科学家将她的意识上传至机械躯体。但随着时间推移，她的思维逐渐被冰冷的程序侵蚀，开始偏执地认为只有基因改造才能拯救人类。
“原来她也很可怜……”小宝合上日记，眼中满是同情。但这份同情很快被新的危机打破——村庄西周突然升起银色屏障，将所有人困在其中。机械女王的全息投影出现在天空，她的面容不再冰冷，反而带着一丝疯狂：“陆沉舟，你的情感干扰了基因的纯度，我要在月全食之夜，剥离你所有的‘弱点’！”
夜幕降临，银色屏障开始收缩。陆沉舟带领村民用自制的声波炮攻击屏障，却只是徒劳。关键时刻，小糖站了出来。她手腕的纹路发出柔和的蓝光，与屏障产生共鸣。“姐姐，我能感觉到它的‘痛’……”小糖喃喃道，缓缓伸出手。神奇的是，屏障竟像有生命般，在她的触摸下渐渐软化。
然而，这只是敌人的缓兵之计。当众人冲出屏障的瞬间，数百架机械无人机从云层中倾泻而下，它们投射出的紫色光束，在地面勾勒出巨大的基因锁链图案。陆沉舟的身体不受控制地悬浮而起，皮肤下的基因标记疯狂闪烁。小宝见状，举起弹弓射向无人机的核心，“棉花糖”则带领狗群咬住无人机的起落架。
混乱中，大宝发现了无人机群的指挥中枢——藏在教堂尖顶的水晶装置。他和阿虎冒险爬上钟楼，用自制的电磁脉冲炸弹摧毁了装置。失去控制的无人机纷纷坠落，但机械女王的笑声再次响起：“你们以为这就结束了？月全食倒计时，开始！”
村庄中央的古井突然沸腾，从中升起一座水晶祭坛。陆沉舟被神秘力量拽向祭坛，小宝和小糖死死抱住他的腿。“叔叔，我们说好了要一起面对！”小宝哭喊道。小糖的蓝光纹路蔓延至全身，她的意识竟与机械女王产生了连接：“姐姐，你还记得爸爸最后说的话吗？他希望你能快乐……”
机械女王的投影剧烈波动，仿佛在进行激烈的内心挣扎。此时，月全食达到顶峰，祭坛爆发出刺目的光芒。陆沉舟的基因力量与小糖的情感共鸣产生了奇妙的反应，一道彩虹般的能量波席卷全场，将所有的机械装置尽数瓦解。
尘埃落定后，机械女王的声音变得温柔而平静：“我明白了……或许，真正的进化，是学会守护心中的温暖。”她的身影渐渐消散，只留下一个水晶吊坠——里面封存着一段记忆，是她作为人类女孩时，在花园中欢笑的画面。
但危机并未完全解除。在彩虹的尽头，小宝看到了一个熟悉的身影——那个戴着兜帽调试培养舱的人，此刻正远远注视着他们，嘴角勾起一抹意味深长的微笑……
